Nessa área, o Ministério Público fiscaliza o correto cumprimento da pena pelo sentenciado; verifica as condições de funcionamento da unidade prisional; ouve e anota reclamações dos presos; apura se os menores de idade estão em cela especial e se as mulheres estão em alas separadas das alas dos homens; observa se há pessoas presas ilegalmente, se os direitos e garantias legais dos condenados estão sendo preservados e se os princípios constitucionais da dignidade da pessoa humana e da individualização das penas estão sendo observados.

Os promotores de Justiça que atuam na área de Execução Penal também se manifestam sobre a progressão do regime do preso, as saídas temporárias dele, a diminuição de pena mediante trabalho e/ou estudo na cadeia, o indulto (perdão, diminuição ou troca da pena), o livramento condicional e a prescrição, suspensão, conversão e extinção das penas. Eles ainda podem pedir a interdição de unidade prisional e interpor recursos contra decisões proferidas pelo juiz da Vara de Execução Penal. O Ministério Público foca ainda sua atuação no respeito à integridade física e moral do condenado e nos princípios constitucionais que proíbem a tortura, o tratamento desumano ou degradante do preso e que vedam a aplicação de penas cruéis.